重箱の隅を優しくつつく

博士号取得後、化学企業で働いています。科学(物理化学)、プログラミング、読書、自転車などが好きです。

コンピュータ・プログラミング-研究ツール

量子化学計算のプログラムを自作してみた

普段、量子化学の計算を行う際は、GaussianやGAMESS他のソフトが用いられることが殆どで、自分でコードを書くのは計算手法の研究をされている一部の方に限られるのではないかと思います。 近年では、B3LYP汎関数の使用を始めとする、密度汎関数理論(Density …

VASPで計算したバンド構造の可視化のためのスクリプト

固体のバンド構造計算をこれまでは主にQuantum Espressoというフリーのコードを使って行っていたのですが、最近、少々vaspを利用した計算を行っていました。 vaspでバンド構造を計算すると、EIGENVALというファイルが作成されて、そこに各k点での固有値が記…

HDF5フォーマットに関するメモ書き その2

前に「HDF5フォーマットに関するメモ書き」なるものを書いてからずいぶん間が開いてしまいましたが「その2」を書こうと思います。 どれだけやる気無かったんだよと言われそうだけど、きっとそんなに緊急の需要は無いだろうから良しということで。 もし誰か…

HDF5フォーマットに関するメモ書き

HDF5というファイルフォーマットがあります。 このたび、しばらくC++でHDF5のファイルを出力するというのをやっていたのですが、それで苦労したりしていたので、とりあえず超初歩的なところからいくつかポイントをまとめていきたいと思います。そもそもHDF5…